اندازه گیریC-Peptide در 5 مورد زیر کاربرد بالینی دارد:
تشخيص افتراقی هيپوگليسمی
طبقه بندی ديابت شيرين
تعيين عملکرد سلول های بتا درافراد ديابتی
پيش بينی بقاءپيوند پانکراس
ارزيابی کامل بودن پانکراتکتومی
در بیماران مبتلا به نئوپلاسم های مترشحه انسولین ( انسولینوما) سطح هر سه پپتید سلولهای بتا(انسولین، پروانسولین و C-peptide)بالاست در حالی که در بیماران مبتلا به هیپوگلیسمی تصنعی (factitious)، سطح انسولین بالا ولی سطوح پروانسولین و C-peptide پایین است.مصرف سولفونیل اوره نیز شرایطی نزدیک به انسولینوما را دارا می باشد چرا که این داروها محرک ترشح پروانسولین، انسولین وC-peptide هستند. تشخیص افتراقی آزمایشگاهی این دوحالت نیازبه ردیابی سولفونیل اوره در پلاسما دارد.در بیماران مبتلا به دیابت شیرین نوع 2معمولاً سطوح C-peptide وانسولین طبیعی یا افزایش یافته است و اتوآنتی بادی علیه سلولهای بتا وجود ندارد. در حالی که در دیابت نوع 1، C-peptide سرم وانسولین پایین بوده یا در مراحل پیشرفته بیماری غیرقابل ردیابی هستند و در 85 تا 90% بیماران اتوآنتی بادی ضدسلول بتا قابل ردیابی است.