C3درکبد ساخته شده و حدود ۷۰درصد تمامی پروتئین ها رادرسیستم کمپلمان تشکیل می دهد. C3نقش مرکزی درفعال سازی مسیرهای آلترناتیو وکلاسیک دارا است. مقادیرافزایش یافته بعنوان پاسخ فازحاد دربسیاری ازوضعیت های التهابی مشاهده می شود. CH50 ،C3وC4 درSLEخصوصاً دربیماران مبتلا به نفریت لوپوسی، گلومرولونفریت حاد ومزمن، آندوکاردیت عفونی وDICممکن است کاهش یابند. نقش مرکزی C3در مسیرهای آلترناتیو وکلاسیک کمپلمان سبب شده که بیماران مبتلابه کمبودC3 درمعرض خطر عفونتهای شدید بامیکروارگانیسم های کپسولدارمانند استرپتوکوک پنومونیه ،هموفیلوس آنفلوآنزاو نایسریا مننژیتدیس قرارگیرند و باکتریمی عفونت های سینوس وریه ،مننژیت ،عفونتهای بافت اطراف ناخن و زردزخم این بیماران راتهدید می نماید. کاهش سطح سرمیC3 همچنین دراورمی، بیماری های مزمن کبد، بی اشتهایی عصبی (anorexia nervosa)و بیماری سلیاک نیزمشاهده می گردد.
سطح سرمی غیرقابل ردیابی ازC3 درکمبودهای مادرزادی مشاهده می گردد. کاهش همزمان سطوح C3 وC4 بیانگرفعال شدن مسیرکلاسیک کمپلمان است. کاهش سطح سرمی C3 به همراه طبیعی بودن سطح سرمی C4بیانگرفعال شدن مسیر آلترناتیو است.